Volgens het Maleisische Department of Survey and Mapping bestaat de natie uit 878-eilanden. 394 van deze eilanden maakt deel uit van de staat Sabah. Het land heeft ook 510 geografische kenmerken op zee die niet zijn gecategoriseerd als eilanden, zoals bergkammen, zandbanken of rotsen. De meeste van de Sabah eilanden zijn genoemd, maar een aanzienlijk aantal eilanden blijft naamloos.
Eilanden Groter dan 250,000 Vierkante km in oppervlakte
Borneo
Hoewel het eiland Borneo niet volledig bezet is door Maleisië, is het het grootste gebied op een eiland dat deel uitmaakt van Maleisië. Over 26% van het gebied van het eiland is bezet door de Maleisische staten Sabah en Sarawak. Alleen 1% van het eilandgebied behoort tot de natie Brunei, terwijl de rest van het eiland Borneo deel uitmaakt van Indonesië. Sabah ligt op het noordelijke deel van het eiland en wordt begrensd door de Kalimantan in Indonesië en de Sarawak in Maleisië in respectievelijk het zuiden en het zuidwesten. Sarawak ligt op het noordwestelijke deel van het eiland en wordt begrensd door respectievelijk Sabah en Kalimantan in het noordoosten en het zuiden. De onafhankelijke staat Brunei grenst aan Sarawak in het noorden.
Sebatik-eiland
Net als Borneo wordt het Sebatik-eiland ook gedeeld door verschillende politieke entiteiten. Het eiland is verdeeld in Indonesische en Maleisische gebieden. Het eiland ligt ongeveer 1 km van de oostkust van Borneo en beslaat een oppervlakte van 452.2 vierkante km. Het noordelijke gedeelte van het Sebatik-eiland maakt deel uit van de Maleisische deelstaat Sabah en heeft ongeveer 25,000-inwoners. Het zuidelijke gedeelte van het eiland maakt deel uit van Noord-Kalimantan in Indonesië en heeft ongeveer 80,000-inwoners.
Eilanden Groter dan 200 Vierkante km in oppervlakte
Banggi Island
Banggi Island is gelegen in de buurt van Marudu Bay en de noordkust van Sabah. Het is een Maleisisch eiland dat deel uitmaakt van de staat Kudat Division van Sabah. Het is het grootste eiland dat uitsluitend wordt bezet door Maleisië en beslaat een oppervlakte van 440.7 vierkante km. Het eiland heeft een populatie van 30,000-mensen.
Bruit Island
Het Maleisische eiland Bruit, gelegen in de Rejang Delta, maakt deel uit van de staat Sarawak. Het eiland heeft ongeveer 30,000-inwoners en is het op een na grootste eiland dat uitsluitend door Maleisië wordt bewoond. Twee veerpunten verbinden het eiland met het vasteland van Maleisië en andere eilanden. Verschillende vissersdorpjes aan de kust van Bruit, de grootste zijn Kampung Semop.
Langkawi
Langkawi is een Maleisische archipel in de Andamanse Zee, ongeveer 30 km uit de kust van het vasteland van Maleisië. De eilanden van Langkawi maken deel uit van de Maleisische deelstaat Kedah. Het grootste eiland in de archipel is het eiland Langkawi, dat een populatie van 64,792-mensen heeft. Van de 99-eilanden van de archipel zijn er slechts vier bewoond. Naast Langkawi zijn de andere bewoonde eilanden Dayang Bunting, Rebak en Tuba. De totale populatie van de archipel gaat over 99,000-mensen en is een populaire toeristische bestemming vanwege de overvloed aan natuurlijke en door de mens gecreëerde attracties.
Penang Island
Met een oppervlakte van 293 vierkante kilometer, is Penang Island het op drie na grootste eiland dat exclusief door Maleisië wordt bezet. Het eiland is de thuisbasis van George Town, de meest bevolkte eiland stad, en de tweede meest bevolkte Maleisische stad. Het eiland heeft een populatie van ongeveer 738,500 en een bevolkingsdichtheid van ongeveer 2,372 personen per vierkante kilometer. De Penang-Straat scheidt het eiland van het Maleisische schiereiland.
Naast de hierboven genoemde eilanden, heeft Maleisië verschillende eilanden kleiner dan 200 vierkante km groot. Voorbeelden van deze eilanden zijn Aman (Penang), Sipadan (Sabah), Malakka (Malakka) en Rawa (Johor).
